Как сделать меню с GenericForeignKey?

не делайте никаких Foreign key-ов и прочих объектов.
Делайте обычную модель с полем url. Это намного проще и понятнее, да и структура в базе будет нормальная.
Есть еще готовые меню https://djangopackages.org/grids/g/navigation/ , можете использовать любое из них.

Ну и если вам ну очень хочется выборку по объектам, просто добавьте кастомное модальное окно в админке
со списками объектов. При выборе объекта генерируете на его основе url и создаете пункт меню с этим урлом (При этом связывать ниче не надо)