Нужно ли сейчас использовать CommonJS или AMD в Webpack 3?

Не только не нужно, но и вредно. Во-первых, импорты-экспорты уже поддерживаются браузерами и пора привыкать к хорошим практикам и светлому будущему:) Во-вторых, только es6-модули позволяют вебпаку сделать tree-shaking.

Очевидно, у вас есть какие-то сомнения. Если вы их изложите, сообщество сможет их развеять.