Для этого можно поставить
SublimeLinter, а также дополнительный плагин для языка (в основном линтеры проверяют синтаксис, но некоторые, например eslint для js, также имеет дополнительные возможности),
SublimeLinter-eslint, в конфиге .eslintrc настроить, какие ошибки и ворнинги подсвечивать. Возможно для некоторых других языков тоже есть похожие настройки.
