Универсальный движок для сайта?

Вы же понимаете, что cms, которая стремится предусмотреть все - это нагромождение говнокода?
У вас два варианта - мять руками эту субстанцию за копейки или решать конкретные задачи на фреймворке.
Возьмите компонентный фреймворк и проектируйте, либо не компонентный, но с богатым выбором расширений.

Есть Drupal для этих целей. Он очень гибкий, но и довольно сложный в освоении. =)

Но специализированные приложения выигрывают у универсальных - они зачастую проще, и соответственно легче и надёжнее, просто потому что требуется меньше кода, и он проще. Также они, зачастую, и более проработаны, т.к. изначально задуманы для решения конкретной задачи.
Поэтому что-то сложное, например магазин, куда разумнее делать на специализированном движке всё же.

Или нужно несколько движков?

да

Так же чтобы можно было расширять функциональность без лютых костылей.

если универсальные cms, то без костылей не получится. Костыль - плата за универсальность

Желательно с хорошей документацией и бесплатный.

Тут под разное ТЗ будут разные списки. Чудес же не бывает.

Интересует движок на php с возможностью создания от интернет магазина с фильтрами до простецкого сайта

ну так же не бывает. Можно конечно юзать cms для магазина, что бы сделать простой сайт, но это же адски не оптимально. Смысл покупать машину, если пепельница нужна. Если Вы из тех, кто на такие вещи внимание не обращает - всегда есть WP. Берем WP добавляем коряво написанные модули, доделываем своих костылей - "красота". Ехать будет. Криво, медленно, но будет. Если делать очень дешевые сайты пачками, наверное единственный вариант.

Modx неплохая альтернатива для небольших и не особо сложных сайтов.
Что-то между классической CMS вроде Wordpress/Jommla и PHP-фреймворками типа Laravel/Yii

Сайт-визитка с блогом - это WordPress, и сюда еще готовую тему с адаптивным дизайном за 40-50 зеленых - дешево и сердито. С магазином надо смотреть что у заказчика - наименований товара много или мало, способы оплаты и т.д., поэтому возможны варианты.