Как запустить команду от пользователя через shell_exec?

-9 это не лучший вариант завершения службы, а самый жесткий, до него как минимум нужно попробовать потушить демона нормальным способом, так же как не сложно догадатья php.net/manual/en/function.exec.php не позволит вам выйти за текущего юзеара и тем более остановить апачь, или вы думаете что такой метод взлома сервера никто не догадался закрыть ?
Так что вам нужно подключиться по ssh к этому серверу используя ключи или пароли и сделать все как-будто вы находитесь на совершенно другом сервере.
Ну или написать демона постучаться к нему и он уже перезапустит.
https://disnetern.ru/ssh-on-remote-server/

в принципе можно мониторинг настроить, вот этот умеет выполнять удаленные команды по сработке, в том числе и перезапускать.
monit-it.ru