Как правильно сделать количество онлайн на сайте?

Уникальных посетителей 25т в сутки

В сутки. Т.е. суммарное за сутки.

но онлайн я вижу максимум 1700 в пик, а так 1000-1200

В текущий момент.

Что именно вам нужно? Если показометр типа "сейчас на сайте 2123 человек", то проще всего писать в редис какой-нибудь отметки о пользователях, и пересчитывать их время от времени.

Если подробную аналитику - можно прогнать access.log через какой-нибудь анализатор, благо их много разных на все случаи жизни.
В принципе, и первая задача через анализаторы решается, но возможно это лишнее просто.

Еще можно пересчитывать файлы сессий, или если сессии в бд - делать запрос по этой таблице. там же есть даты последнего обновления.

Через ajax и сделай, если можно вытащить инфу. После оберни это всё в setInterval и обновляй на странице

У себя в проекте использую socket.io + redis для таких целей.

Вот краткий пример, в котором при коннекте переменная увеличивается на единицу, а при дисконнекте соответственно уменьшается. Тут же можно записать значение переменно в редис к примеру или файловый кэш.

io.on('connection', function (socket) {
        connectCount++;
        socket.on('disconnect', function () {
            connectCount--;
        });
    });