Если у вас проблема в записи, сделайте так, чтобы запись была быстрее. Mongo вас спасет в том смысле, что запись можно вести не на один сервер/диск, а на несколько. Того же эффекта можно достичь, заменив медленый шпиндель (у вас же SATA?) на SSD, или на два SSD в страйпе, или на 4 ssd под каждую из тяжелых таблиц =) И, скорее всего, вы слишком много данных пишете в базу. Пишите меньше =) Чтение, агрегацию, склеивание и прочее надо вести на реплике (а то и нескольких) этой БД на другой машине. По IOPSам она должна быть не хуже мастера - то есть тоже на SSD. Если реплики воткнут, это не повлияет на реалтайм запись - просто реплики начнут отставать от мастера.
Ну и банальный совет - добавьте RAM, настройте innodb buffer pool - может он просто неэффективно используется.
Переводить запись на node возможно имеет смысл, если сложных вычислений при дергании счетчика не делается, а просто входные параметры пишутся в БД. Но если у вас этим сейчас справляется PHP - то зачем менять? Снесите на отдельную машину - лишние 100 (200 для двух машин) баксов в месяц куда дешевле оплаты программиста для переписывания этого добра.
