Какие есть лучшие мировые практики по организации структуры документов (папок и файлов) IT проекта?

Здесь есть 3 задачи, которые решаются двумя уровнями (человеком и системой).

Теперь, по-порядку:
Задача 1:

разработать более понятную структуру документов, чем этот набор,

Задача 2:

и сделать так, чтобы при создании нового документа каждый член команды понимал в какой папке его заводить,

Задача 3:

а также искать после создания.

За задачу 1 - структура: должен отвечать руководитель проекта (РП).
За задачу 2 - размещение: должна отвечать автоматическая система
За задачу 3 - поиск: должна отвечать автоматическая система

По задаче 1: Здесь, более-менее, всё понятно: распределить по отделам и внутри по задачам и подзадачам, или т.п.
По задаче 2:
Изначально, любой новый документ создаётся в "космосе" (без привязки к разделам и т.д.) - unsorted/uncategorized. Затем, должен быть ещё один логический шаг сразу после создания документа, но перед его размещением:
1. Нужно выяснить: О чём этот документ? (краткое содержание)
Чтобы это сделать, есть несколько способов: список заранее утверждённых тегов (создаёт их РП), анализ текста и морфологический разбор и затем проставление тегов, определение нужных критериев с помощью НС/ИИ.
2. Нужно выяснить: Для кого предназначен этот документ? Это набор объектов из списка ролей в системе (для которой создана текущая структура хранения): пользователь, группа пользователей, проект, конкретная ветка проекта, конкретный билд, конкретный репозиторий и т.д. Здесь выпадающие поля по каждой смысловой группе (с заполнением по аналогии с тегами).
3. Нужно выяснить: Какой тип документа? Варианты: описательный/повествовательный (API, документация и прочее), задача/task/"к исполнению", ресурсный (исходный код, перевод, изображение, звук и т.д.) и т.д.
4. Нужно выяснить (обычно только это применяется сегодня!): К каким близким по смыслу тегам (по мнению автора) относится документ? Тут все теги из доступных (или с возможностью добавления)

Везде: ко всему, к чему у текущего пользователя доступ отсутствует - скрываем!

После всех пунктов - система на основе этих данных сама правильно разместит документ в нужную папку и подпапку и так, что его смогут легко все найти.

После публикации - всем должно прийти уведомление (e-mail, sms и т.д.) об этом: кто создал, какой документ и когда и где он был размещён системой.

По задаче 3: Поиск - лента хронологии добавленных и доступных текущему пользователю документов, заготовленные поиски по задачам пользователя и нечёткий поиск по произвольному запросу (тоже: только по доступным документам).

Всё выше описанное - делалось на обычной CMS Joomla! для одной компании для внутреннего использования. Всё это, разумеется, со значительными доработками и интеграцией с MS AD и SharePoint-порталом.

создан эклетичный набор п

эклеКтичный

то что вы ищете - называется "система документооборота", и Гугл драйв никаким сюда боком

нормальные системы, увы, тяжелы и дороги, но можете посмотреть хотя бы на Trello

Я бы смотрел для этой цели vTiger и Redmine
Для них есть системы документооборота и/или groupware.

Да все просто.
• Берете workflow проекта (или пишете с нуля новый)
• Нумеруете каждый главный элемент по системе 1000, 2000, 3000 и так далее
• Подэлементы второго уровня нумеруете соответственно 1010, 1020, 2010, 2020 и т.д.
• В вашем облаке создаете иерархию папок такую же, как элементы workflow
• Если на нижнем уровне не хватает нумерации — добавляете точку, например 4030.10
• На самом низшем уровне, если например, над дизайном работают 2 человека, создаете нумерованную подпапку + ФИО. Например, 6000. Сайт/6030. Дизайн/6030.10 Иванов И.И.
• Эту же нумерацию используете в Trello в названиях списков и карточек и в других программах и сервисах (например, мы активно юзаем бесплатный onenote для хранения данных и ведения проектов, используем ту же сквозную нумерацию)
• На любом уровне нумеруете, добавляя 0 (т.е. не 1,2,3, а 10,20,30) — благодаря этому всегда будет возможность добавить дополнительный элемент/папку между существующими. Например, первый уровень: 1000/2000/3000; второй уровень 1010/1020/1030/2010/2020/2030; Третий уровень 1010.10/1010.20/1010.30/2010.10/2010.20/2010.30 и т.д.
• Понятно, что легко добавить "надуровень" — делая шестизначные стартовые числа (но не очень удобно из-за громоздкости, мы отказались) или подуровни после точки (удобнее, т.к. только для редких элементов workflow и их ключевых папок понадобится 4й и тем более, 5й уровень вложенности)
• Маньячить не надо, и нумеровать все папки не нужно. Например, клиент делает мебель и прислал фотоматериалы для сайта, отдельно папки "замер", "производство", "монтаж" и т.д. Вряд ли понадобится нумеровать такой низкий уровень по этой системе.

Итого:
• В будущем легко добавить новый элемент workflow (и соответствующую папку) текущего проекта между другими — просто добавляете любой свободный промежуточный номер, например, между 6000 и 7000 добавляете 6500
• В проводнике Windows и в облаках папки сортируются согласно вашему порядку (5000 Прототип будет идти раньше 6000 Дизайн), а не по алфавиту (где "дизайн" будет идти раньше "прототипирования")
• После 5-10 проектов у вас сама собой сформируется глубокая древовидная структура, когда, например, дизайн всегда будет "6000. Дизайн" — в итоге все это быстро запомнят
• Очень удобно обсуждать что-то в чате. Например, "Вася, где фото на сайт от клиента по чугуниевым люкам?" — "Петя, в папке 1070.20 Фото". Такую папку уже легко быстро найти как поиском, так и напрямую передвигаясь вглубь по папкам

UPD. На самом верхнем уровне папки с названием проекта, простой нумерацией 1,2,3 и датой.
Например, "43. Чугуниевые люки [2018-03-25]"

В больших компаниях существуют генераторы проетных папок с возможностью видеть какие документы могут помещаться и где взять шаблоны и чек-листы для этих документов.
Открытые источники по этому вопросу мне к сожалению не известны.