Как сделать нотификацию о новых сообщения?

Если пользователь много то быстро можно сделать только с сервером очередей вроде RabbitMQ
Заводите очередь и кидаете туда сообщения с пометкой в виде id адресата, все адресаты читают очередь и отбирают сообщения помеченные их id.

В редакция Эксперт, Малый Бизнес и Бизнес есть модуль Push'n'pull

Модуль Push and Pull позволяет организовать транспорт для отправки мгновенных команд. Реализация данного функционала в виде отдельного модуля позволяет любому другому модулю (в том числе и модулям сторонних разработчиков) используя API отправлять мгновенные нотификации и сообщения клиентам.