Как поднять несколько l2tp/ipsec туннелей через разные каналы связи?

Не очень понятно, чего конкретно вы хотите достичь. Чтобы трафик до определённых IP выходил через разные аплинк-интерфейсы клиентского роутера? На так маркируйте L2TP-трафик на основании DST IP, в чём проблема?

Дык в чем именно проблема?
l2tp/IPsec в общем-то умеют через NAT ходить, а каким путем они пойдут - это PBR укажет. Главное не забыть про тропинку назад.

Чтобы сервер отвечал через несколько аплинков, нужна для каждого аплинка своя таблица маршрутизации.

eth0 — 1.1.1.2/24 gw 1.1.1.1
eth1 — 2.2.2.2/24 gw 2.2.2.1

ip route add default via 1.1.1.1 table 101
ip route add default via 2.2.2.1 table 102
ip rule add from 1.1.1.2 table 101
ip rule add from 2.2.2.2 table 102

Элементарно,
Вот с чистым l2tp будут проблемы, так как порты явно вбиты в стандарт

делаем так
поднимаем между узлами два ipsec, в пирах можно указать src адрес, указываем свои внешние адреса, они и будут являтся отправной точкой для определения выбора маршрута.

далее на узлах поднимаем лупбек интерфейсы на первом маршрутизаторе
10.255.1.1/32 и 10.255.1.2/32
на второй маршрутизаторе 10.255.2.1/32 и 10.255.2.2/32
далее
в ipsec policy добавляем что между 10.255.1.1/32 и 10.255.2.1/32 идёт через пира первого провадйера
10.255.1.2/32 и 10.255.2.2/32 идёт через пира второго провадйера
создаём два маршрута
до 10.255.2.2/32 где pref-source указываем 10.255.1.2 и
до 10.255.2.1/32 где pref-source указываем 10.255.1.1

после чего поднимаем обычный l2tp до узлов 10.255.2.2 и 10.255.1.2