Почему показатель Кэша индексов MyISAM высокий?

На всякий случай, расскажу как я решил аналогичную проблему.

Кроме такой ошибки, как на скрине у ТС, у меня постоянно падал MySQL. Изучил логи CentOS, выяснилось, что система убивает процесс mysqld, когда по какой-то причине истощается свободное место в подкачке - при резервном копировании, например, когда в память загружается база.

Оказалось, что о умолчанию Битркис при разворачивании виртуальной машины устанавливает раздел для подкачки равной 512 Мб. Для свежей пустой базы это нормально. Со временем этого перестает хватать. У меня базы данных на проектах порядка 5-6 Гб.

Действуя по инструкции, создал swap-файл, равный объему памяти, отведенной системе (6 Гб, у меня виртуальные хосты). Далее отключил swap-раздел. И все начало работать без ошибок и падений.

PS. Расход swap можно отслеживать в режиме реального времени с помощью утилиты htop, легко устанавливается в системе.

Судя по размеру индексов в 140 Кб у вас таблиц MyISAM почти нет или вообще нет, так что этот кеш просто-напросто не используется за ненадобностью и раздувать его до неимоверных значений не имеет никакого смысла. Если у вас и есть проблема с СУБД, то она 100% не тут.

PS key_buffer_size поставьте 500 Кб. Больше вам не надо.