Почему такая ошибка с Codeception?

получилось решить проблему?

При вызове данной команды, в файле InitTemplate.php осуществляется проверка на существование файла codeception.yml, а так как вы находитесь в директории bin, то он видит файл в данной директории:

if (file_exists($dir . DIRECTORY_SEPARATOR . 'codeception.yml') || file_exists($dir . DIRECTORY_SEPARATOR . 'codeception.dist.yml')) {
            throw new \Exception("Codeception is already installed in this directory");
        }

Нужно запускать из корневой папки проекта, а не из папки /vendor/bin, также убедиться, что в корневой директории нет файла - codeception.yml
vendor\bin\codecept bootstrap