Не работает rewrite в .htaccess, в чем ошибка?

А кто включит mode_rewrite ?
RewriteEngine On
Так же не забывайте экранировать спецсимволы
\?furl=$1

Верхняя часть файла выглядит как.

Options +FollowSymLinks
RewriteEngine on
RewriteBase /
#
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} Pinterestbot
RewriteRule ^(.*)$ /cgi-bin/conv2utf.cgi\?furl=$1 [R=301]

При этом на части урлов редирект работает а на части нет.

У вас вообще какой сервер?

web-mehanik, nginx-apache Сейчас ситуация такая что работает не всегда, алгоритм выбора пока не понятен.