После empty() вы зачем-то делаете append(). Вероятно из-за этого у вас остается какой-то мусор. Поточнее не получится сказать, по вашим веселым картинкам этого не видно.
И лучше бы ПрЕкРаТиТь пИсАтЬ onClick.
Не делать удаление через GET-запросы.
Не постить код скриншотами.
<img src="http://volganin.net/user/upload_result_logo1.php?tim=42">
<img src="http://volganin.net/user/upload_result_logo2.php?tim=42">
<img src="http://volganin.net/user/upload_result_logo3.php?tim=42">
Я только что удалил логотипы с номерами 1, 2 и 3.
Средний