А что такое "SPA"? Разве это набор стандартов? Что бы говорить о том, что есть общие проблемы? Вариантов реализации куча, в каждой будут свои проблемы.
На своем vuejs сайте я сделал генерацию мета тегов на php (добавил в index.html скрипт, который генерирует мета информацию (title, description, og: и тп), чтобы ссылки можно было постить в соц сетях и на других сайтах.
Это зачем нам знать? Как это к индексации относится?
Все ли будет работать в моем случае?
Вы о чем? Все это что? Холодильник и акваланг будут работать.
Умеют ли боты индексировать такие сайты?
Какие такие? Механизм загрузки контента Вы не описали. Есть ли смена url? Вы привели кучу не нужной информации, а по делу 0. Что мешает просто проверить? Если сайт уже есть. Что Вас останавливает?
Если отключить генерацию title и description, сможет ли поисковый бот корректно их получать, если они меняются из js?
Тут вообще или Вы не все написали или слабо понимаете, как оно у Вас там все работает. ХЗ. Что значит "отключить генерацию title и description". Плохо ли если в странице не будет "title и description"? Плохо. Но сразу же пишите, что они меняются из js. Так меняются или нет?
Мне кажется, что основная ошибка в том, что многие считают SPA чем-то современным, что заменит традиционный подход. Нет. Есть проекты, которые есть смысл делать в виде SPA и им обычно не важно как они будут индексироваться и ранжироваться в поисковиках. Есть сайты, которые имеют часть функционала в виде spa, так другая история. И есть сайты, где spa не нужно вовсе. И самое главное SPA и сайт с асинхронной загрузкой или динамический сайт не одно и то же.
Средний
