Структура каталогов может отличаться, одной универсальной структуры, используемой везде, нет.
Иногда корневые папки доменов держат в /var/www/vhosts/имядомена/httpdocs/, иногда в /home/имяюзера/data/имядомена/httpdocs/, зависит больше от того, какую панель управления вы используете для управления доменами, каждая организовует по-своему (а если никакую и руками настраиваете сервер - то в конфиг-файле апача/nginx'а можете любой путь задать в директиве DocumentRoot).
Простой
