Как правильно собрать exe что бы приложение могло взаимодействовать с файлами .xml и .properties?

Проверь работает ли нормально jar. Если да, то после try добавь catch с выводом стектрейса в консоль.
Собирай exe. Запускай программу в терминале: java -jar <*.exe> (должно отрабатывать, по крайней мере с launch4j работает). Или просто запусти в терминале.

Стек трейс с ошибкой должен быть выведен в консоль.