Почему светлый блок не покрывает полностью экран?

Сделайте ему top: 0px и нет проблем.
Когда стоит автоматический top, то блок остается на том месте, где он бы находился при position: static. А т.к. блок внутри блока body, у которого есть padding, то этот блок уже смещен вниз. Поэтому задавайте ему нужную позицию сами.

У боди паддинг стоит.

Ширину и высоту можете убрать, поставьте
top: 0;
left: 0;
right: 0;
bottom: 0;

И если это оверлей для модального окна, логичнее его сделать fixed, а не absolute.