Почему глаза плохо воспринимают темный UI?

Качество восприятия текста и графики складывается не только из палитры, но и из других вещей, типа толщины линий шрифта и так далее.
В верстке печатных материалов есть такое понятие - "выворотка". Это светлый текст на темном фоне. И начинающие всегда делают ошибку, когда верстают такое - просто берут и задают белый цвет текста и темный цвет фона, не меняя шрифт, его размеры и начертание относительно основного текста страницы (например, когда верстают врезку). Так делать нельзя - такая врезка, вероятнее всего, окажется нечитаемой.

Скорее всего, ваша проблема - в том, что вы несколько более чувствительны (или внимательны) к негативным эффектам выворотки. Соответственно, если вы считаете, что вам действительно для чего-то нужен "ночной" интерфейс, вы можете попробовать поэкспериментировать с цветовой гаммой, а дополнительно к этому - с контрастом, размером шрифтов, начертанием и т.п. Посмотрите, например, на то, как цветовая гамма используется в GIMP:

Лично я никогда не использую инверсный интерфейс с черным или почти черным фоном - чтобы уменьшить избыточную яркость, всегда использую довольно темный серый. То же самое и с "дневной" схемой - никогда не использую чисто белый фон, всегда заменяю его на слегка зеленовато-серый, аналогично этому:

На ux.stackexchange ссылаются на исследования, что черный на белом легче в целом читается из-за того, что зрачок суженный из-за большего потока света легче фокусируется у людей с астигматизмом, которых ровно половина.

People with astigmatism (approximately 50% of the population) find it harder to read white text on black than black text on white. Part of this has to do with light levels: with a bright display (white background) the iris closes a bit more, decreasing the effect of the "deformed" lens; with a dark display (black background) the iris opens to receive more light and the deformation of the lens creates a much fuzzier focus at the eye.

Jason Harrison – Post Doctoral Fellow, Imager Lab Manager – Sensory Perception and Interaction Research Group, University of British Columbia

Так же я встречал, мнение, что трудно когда яркость экрана сильно отличается от фона - то есть надо еще подстраивать под освещение.

В темных темах работать не могу, возможно не привык. Да и среда разработки это для меня рабочий инструмент, а не средство самовыражения. Поэтому не заморачивайтесь с этим вопросом, работайте так, как вам удобно.