Нужно ли скрывать от поисковой индексации рубрики и метки?

Скрывать ничего не надо, за это будет бан. А вот индексировать или нет - это второй вопрос. И на этот вопрос можете ответить только Вы. Все зависит от стратегии продвижения.

Для закрытия чего-либо от индексации есть:
<meta name="robots" content="noindex,follow" />
Соответственно и в sitemap этого тоже не должно быть, а ссылки на эти страницы надо обвернуть в
<noindex> для яши и добавить rel="nofollow" для гугли