Ubuntu — Apache2 | Какие права должны быть на папке сайта?

Обычно кладут сайт в /var/www
Права у папок должны быть 775 для пользователя www-data и группы www-data.

chmod -R 755 /mysite/www

Рекурсивно выставятся одинаковые права у папок и файлов, что нежелательно.
Я бы выставил отдельно для папок и файлов разные права:

sudo find /mysite/www -type d -exec chmod -R 775 {} \;
sudo find /mysite/www -type f -exec chmod -R 664 {} \;