Как устанавливать программы на SSD диск,если он пустой?

Я так понял, что у вас С - это HDD, и на нём система, а D - это SSD, и вы собираетесь ставить на него пользовательский софт, правильно?
Если я не ошибся, то ошиблись вы. Так не делается. Правильно будет сделать системным (т.е. С) твердотельный диск SSD, на него установить и ОС, и пользовательские программы, для этого в Windows (если у вас Windows - вы ведь это не уточнили) имеются специальные папки Program Files и Program Files (x86). Пустым сделать диск D - HDD. На этом диске (или разделе) устроить папки для хранения и обработки пользовательских данных (не программ!), например, папку Мои документы.
PS. Из комментариев стало понятно, что у вас там ещё хитрее, чем я сначала думал - оказывается, SSD просто-напросто не подключён, поскольку не подходит к вашей материнке. Как же это вы собирались что-то устанавливать на неподключённый диск???
Сначала добейтесь, чтобы он был виден в BIOS, затем сделайте его активным (т.е. загрузочным), потом склонируйте туда ОС (а лучше установите её заново, поскольку для SSD нужны несколько другие настройки и драйверы, например, AHCI), далее установите (штатным образом, в Program Files!) пользовательский софт. И только потом занимайтесь вторым диском, HDD - сделайте его диском D и используйте для... я уже писал.

В упор не вижу ни слова про SSD - есть диск с двумя разделами и сильное желание выстрелить себе в ногу. Правильный вариант уже написан - система и программы ставятся на один раздел, данные на другом, для надежности - резервное копирование и принцип 3-2-1.
Если все же есть желание выстрелить себе в ногу - то при установке очень большого количества программ можно указать путь установки - указывайте, что считаете нужным - установщик сам всё сделает правильно. Правда, в последнее время всё большее количество программ устанавливаются в профиль пользователя, а его переносить с системного раздела крайне нежелательно, можно, конечно, при помощи симлинков вынести что угодно куда угодно, но зачем городить огород из ненужного?

создай сам папки, которые тебе нужны.

если чо, SSD , в отличие от HDD, если накроется - то накроется весь

и со скоростями старого разделения "С поближе к началу" тут уже не нужно

После создания нового раздела и мепирования его на букву диска (например, D:) используйте следующую инструкцию.