Как и куда лучше всего устанавливать программы?

Все просто =)
- Систему обязательно на SSD. Если боишься потерять данные, сделай бэкап на другой носитель, например в Acronis (в посекторном режиме сохранятся все данные до бита)
- Чем меньше обращений к SSD на запись, тем лучше (по крайней мере на начало 2018 =)). Значит, если позволяет размер SSD, то ставь туда все программы, которыми ты будешь пользоваться все время (браузер, офис, плеер...).
- На счет игр. Если они тяжёлые (Battlefield 1, PUBG, ...) и позволяет размер SSD, ставь туда. Простые на HDD, скорости хватит.

PS. Чем меньше разделов на харде, тем лучше, так как при обращении к нескольким падает производительность, потому что приходится часто перемещать считывающую головку диска в разные места. Но это не критично, так эта потеря обычно не больше 5%. И на нормальных HDD стоят хорошие контроллеры.

PSS. В таких вопросах сразу указывай размер дисков, больше инфы, легче ответить =)

Ставить систему надо на SSD.

Про то что ОС должна стоять на SSD диске я знаю,но по техническим проблемам я этого сделать не могу

В этом случае нужно на SSD перенести файл подкачки и профиль пользователя.

Как и куда лучше всего устанавливать программы?

Да куда угодно. Можете оставить на HDD. можете перенести на SSD, но это чаще всего сделать довольно трудно.