Есть ли способ сохранить все сообщения электронного ящика на компьютер в удобном виде?

Конечно можно, но если в планах потом работать руками с этой почтой то я бы не стал загонять все в отдельные файлы. Лучше подключите ваши ящики в локальный почтовый клиент типа Thunderbird/The Bat/Outlook и синхронизируйте, в итоге получите локальную почтовую базу с возможностью актуализации в любой момент, удобным поиском, просмотром, каталогизацией.

GYB, например, умеет сохранять почтовые сообщения в виде eml-файлов, которые можно открыть в любом почтовом клиенте.

канеш