Как восстановить удаленную папку в PyCharm?

Если подключена система контроля версий - ревертнуть удаление.
Если не подключена - то разве что пробовать восстановление данных из дисковых утилит. Ну или в корзине поищите.

Можно подробнее про дисковые утилиты. У меня линукс минт стоит

Если у вас PyCharm хранит файлы проектов на том же разделе, куда могут писать ОС и другие программы, то я бы в первую очередь посоветовал выключить компьютер, чтобы данные не были перезаписаны другими.

Если вам нужна программа, работающая под Linux, то для поиска удалённой папки воспользуйтесь, например, UFS Explorer Standard Recovery - у неё, как и у более старших ревизий ЮФС Эксплорер, есть версии для Линукс.

Если есть возможность запустить сканирование диска под Windows, например, вынув его из компьютера, поищите удалённую папку бесплатным R.saver.

Предварительно убедитесь, что никакие программы или ОС не записывают / не будут ничего записывать на раздел с файлами PyCharm, и не сохраняйте ничего на него сами (в т.ч. программы для восстановления данных).