Загрузка файлов пользователем linux в определённую папку?

правильные права, правильный umask, квоты и домашнаяя директория

А почему вы не можете это ограничение сделать в вашем приложении?

Почитайте справку по sftp серверу, например vsftp умеет делать quota и лочить юзеров в их домашнем каталоге.

емнип размер файла в папке никак средствами ос/фс не регламентируется, только лимит на общий объем. Возможно sftp сервера умеют что-то подобное, даже скорее всего так и есть, все ваши хотелки можно будет рулить через конфиг сфтп сервера. Гугл подсказывает что сфтп клиент будет иметь так же и возможность ssh коннекта, так как по сути это все происходит поверх ссш. Так что права на только запись можно поставить на папку через ос.
про лимиты:
https://serverfault.com/questions/522997/set-max-u...