Как организовать хранение файлов пользователя?

в общем случае - "лабиринты" (хотя там все прозрачно) из папок

* Хранение: Размер вложений. Если "маленькие" то БД. А если большие то ФС (или она быстро заполнится). Или каждому пользователю ствой файл надел или раздел.
* Безопасность: Если БД о можно выташить или изменить только в ней (как правило). Если ФС то либо реализация на софте (чтоб нельзя было выйти из нее) либо форошо фильтровать запросы.
* Доступ: система символический ссылок позволяет организовать каталоги с поиском не хуже чем в БД.