Ставите http заголовок
Content-Disposition: attachment; filename=MyFileName.ext
И радуетесь. Счетчик можете внутри этого php файла, просто пусть получает из БД кол-во скачиваний, прибавляет единицу и сохраняет обратно в БД. И потом в другом месте, вы сможете из БД вывести, сколько раз скачивали файл.
