$arr = [1,3];
$in = str_repeat('?,', count($arr) - 1) . '?';
$sql_favorites_item = "SELECT `id`,`name`,`price`,`old_price`,`img` FROM `shops` WHERE `id` IN ($in)";
echo $sql_favorites_item;
$stmt_favorites = $connection->prepare($sql_favorites_item);
$stmt_favorites->bind_param('ii', $arr);
$stmt_favorites->execute();mysqli. Эта библиотека не предназначена для испрользования напрямую в коде. А только как строительный материал для создания библиотеки более высокого уровня. Напрямую же ей пользоваться невозможно. Легче пережить небольшую атомную войну, чем попытаться привязать несколько переменных в оператор IN().
Средний
Простой
Простой