Плавные переход меню?

а можно по подробнее чтоб я понял досконально?

Антон Плашкевич, смотри, у теебя при прокрутке при определённом отступе сверху срабатывает скрипт, который меняет добавляет вот такой класс к боди body.sticky-menu-active #header, в котором

border-bottom: 1px solid #E9E9E9;
    position: fixed;
    top: -57px;
    width: 100%;
    z-index: 1001;
    box-shadow: 0 0 3px rgba(0,0,0,.1);
    -webkit-filter: none;
    filter: none;

вот тебе надо сделать так, что бы этот скрипт срабатывал при большем отступе
а вообще, если тут

#header {
    background: transparent;
     position: fixed;
    width: 100%;
}

убрать position: fixed; то всё у тебя работает нормально

Владислав Лысков, спасибо