Как делать и как работает шифрование сообщений PHP MySQL?

тут

тыц

Для начала - определиться, от кого вы хотите зашифровать его. Если от того, кто случайно получит доступ к вашему серверу, то скорее всего, ключи, которые вы попишете в коде/конфигах, этому человеку будут тоже доступны и смысла от шифрования будет ноль)

Не нужно вам шифрование между php и mysql, зачем тратить такты CPU в пустую. Если залезут на сервер то дампнут и бд и ключи ваши, которые наверняка будут в конфигах лежать. Лучше займитесь базовой безопасностью окружения. На внешних портах ничего кроме веб сервера (еще ssh и возможно dhcp в "облаках") висеть не должно, отключите в ssh аутентификацию по паролю, сделайте ssh ключ под паролем надежным, проведите аудит своего приложения, в первую очередь на предмет sqlinj, используйте PDO ну или ORM, upload файлов извне только по белым спискам и только в изолированный virtualhost с отключенным php, только для статики (в идеале - отдельный сервер). Регулярно обновляйте ПО на сервере. Бэкапы - ваши друзья в горе и радости.

Это только самое элементарное.