Как отследить редирект сайта?

grep 'Location' /path/to/myproject/*.php
Так найдете (почти) все редиректы. Скорее всего этого будет достаточно чтобы найти проблему, хотя если это действительно вирус, то они могли написать что-то вроде 'Loca'.'tion' и отследить это будет немного сложнее.

Более хардкорный вариант - временно внести функцию headers в блеклист disable_functions
И смотреть в каких местах ошибки посыпятся.