Как вырезать обведенный с помощью pen tool элемент в Adobe XD?

Зачем ставите тег ADOBE PHOTOSHOP если ваш вопрос не про фотошоп?

Непосредственно вырезать – нельзя для этого есть Photoshop / Illustrator.
Можно использовать шейп получившийся посредством Pen Tool как маску над объектом.

Cоздать шейп, поместив его поверх элемента. Выделить оба элемента.
MAC: В меню Object > Mask with Shape.
WIN: Right Click -> Mask with Shape.