Таймер имеет два регистра совпадения OCR1A и OCR1B - по одному на канал. Когда значение таймера достигает значения OCR1A - срабатывает первый канал, когда OCR1B - второй.
Каждый канал можно настроить независимо от другого на генерацию прерываний, управление выводами ШИМ и т.п.
А еще пусть вас не вводят в заблуждение имена конфигурационных регистров TCCR1A и TCCR1B (еще TCCR1C иногда бывает), они никак не связаны с каналами, это просто один большой регистр, разбитый на несколько 8-битных кусков.