Как запустить приложение до explorer.exe?

Нужно запустить приложение как сервис, тогда оно выполнится сразу после загрузки.

sc.exe create <new_service_name> binPath= "<path_to_the_service_executable>

Чтобы отключить реагирование на Alt+F4 - нужно использовать или проверку в коде, или запуск в режиме "киоска" (если такой предусмотрен).

Win+R - работает только в explorer.exe

Вот дока - configuration kiosk-single-app

A single-app kiosk uses the Assigned Access feature to run a single app above the lockscreen.

When the kiosk account signs in, the app is launched automatically. The person using the kiosk cannot do anything on the device outside of the kiosk app.

1. ALT+F4 реализуется windows API, если ваша программа имеет окно, отрисованное стандартными средствами, то она будет закрыта.
Напишите программу, чтобы она запускалась в фоне, как служба, без запуска GUI - тогда ALT+F4 работать не будет.

2. Windows + R это хоткей самого explorer.exe, пока он не запущен, эта комбинация работать не будет.

3. Можете запустить свою программу вместо explorer.exe (в реестре), можете запустить ее как службу (установить новую службу можно через реестр HKLM/SYSTEM/CurrentControlSet/Services или консольную утилиту sc)