Как правильно добавлять данные в mongoose?

Если в User и Category надо добавить id поста - я бы использовал findAndUpdate - это сделает поиск и обновление одним промисом.

Стоит ли это делать вообще - тут скорее вопрос к тому, как надо эту информацию получать, возможно достаточно в Post сохранить id автора и id категории ....

Для категории - явно напрашивается не сохранять id каждого поста в категорию, а наоборот - иначе придется руками обеспечивать консистентность данных при удалении постов.

Но это все предположения без знания того, что должно делать приложение. Возможно в твоем случае такой подход и оправдан...