Странный вывод Export-csv из PowerShell. Причина как я понял не в кодировке, а в чём же?

Не используйте Format-Table при экспорте. Этот командлет меняет отображение вывода в терминал, но не меняет объект в пайпе. Вместо этого надо использовать Select-Object
Get-Service -Name "wuauserv" -ComputerName "server1", "server2", "server3" | Select-Object MachineName, Status, Name | Export-Csv -Path C:\tmp\wuausrv_status.csv -Delimiter ";" -Encoding Unicode -NoTypeInformation

используйте ключ -NoTypeInformation

Get-Service -Name "wuauserv" -ComputerName "server1", "server2", "server3" | FT -Property MachineName, Status, Name | Export-Csv -Path C:\tmp\wuausrv_status.csv -Delimiter ";" -Encoding Unicode -NoTypeInformation