вам не нужно кажждый магазин отдельно подключать к платежке - это неудобно.
Вы подключаете договор на прием платежей по картам только на свою организацию и делаете для нее онлайн кассу.
С каждым своим магазином заключаете агентский договор, по которому например с каждой продажи ваша комиссия 20%. Для налоговой декларации вашей организации в налоговую базу попадает только ваша комиссия 20% (например).
При каждой онлайн покупке картой вы принимаете платеж и выдаете онлайн-чек на почту/смс (магазин тогда чек не пробивает). Спустя несколько дней переводите магазину деньги за товар за вычетом своей комиссии.
Если же оплата наличными при получении магазину - то вам чек пробивать не нужно, это будет уже ответственность магазина. Учитываете во взаиморасчетах с вашими продавцами эти деньги. Если образуете слишком большой долг - выставляете счет магазину.
От чарджбеков нужно проверять документы каждого магазина при подключении и верифицировать их.
Для первый продаж каждого магазина ограничивать размер суммы на какой-то период времени и делать задержку перед первой выплатой.
Также вот API для анализа данных чарджбеках
https://www.maxmind.com/ru/minfraud-services
Вот здесь более подробно отвечал про маркетплейс
Как работают маркетплейсы в России? 
Простой
