Как можно сделать Merge двух разных репозиториев?

Что есть и что вы хотите получить в результате?

Алексей Тен, есть каталог классов в одном проекте, я его хочу:
1) перенести в другой проект не тупым копированием папок
2) в дальнейшем переносить изменения по данным классам в другой проект

*среди того, что я собираюсь переносить могут быть chtml и js файлы

Viktor Ilukhin, если правильно понял, то лучше сделать так:
1. перенести наш каталог классов в отдельный репозиторий.
2. подключать его во все нуждающиеся проекты с помощью git submodules

Можно ещё посмотреть на subtree merge