Куда может утекать место на диске windows server 2012 r2 с IIS и mssql?

Ну надо выяснить куда уходит место для начала.
Посмотреть включено ли теневое копирование на этом томе, и сколько места занимают теневые копии. Посмотреть можно из оснастки или с помощью Vssadmin
Для начала можно оценить куда уходит место вот такой штукой - www.steffengerlach.de/freeware ? но на сервере таким софтом нужно пользоваться с осторожностью - софт неплохой, сам пробовал, но мало ли что...
Так же следует понимать что она показывает далеко не все даже будучи запущенной от админа, ибо банально нет прав, да и точно замерить занимаемое место не всегда возможно. Те же теневые копии она не увидит.

Поэтому сначала смотрите этой программой, если увидели куда тратиться - отлично.
Если нет смотрите насколько расходятся показания программы с реальностью и начинаете искать недоступные файлы более предметно.

Рекомендуемые штуки для анализа места на диске -
fsutil volume allocationreport C:
fsutil volume diskfree c:

что можно безопасно удалить ?

Dism.exe /Online /Cleanup-Image /StartComponentCleanup

В качестве инструмента для выяснения куда "утекает" место на диске рекомендую TreeSize Free. На мой взгляд самая наглядная программа без графических излишеств. А как выясните куда "утекает", то можно уже будет и уточнить данный вопрос, или создать новый, если что-то будет непонятно.