Почему я не вижу некоторые модули и материалы?

Если это действительно так, то смотрите в аксесс контрол листе, что для данного пользователя могли отключить. Раз Вы "суперадминистратор"(в терминологии Жумлы это называется таким термином), то Вы должны бы видеть и ограничения для юзеров. Посмотрите для своего.
Второй вариант - может новости у них каким-то расширением выводятся. Смотрите в модулях нужную позицию чем туда выводится контент.