Как убрать из коммита в Git определенный файл?

Наличие этого файла в репозитории, на мой взгляд, необходимо.

Mikhail Osher, наличе да, но мне его не нужно трогать каждый раз

a000_000a, вот примеры, когда он нам помогает:
1) получение точных версий зависимостей (ибо зависимости зависимостей могут преподнести сюрпризы)
2) более быстрая установка зависимостей (команда npm ci отрабатывает в мгновение ока и дает точную копию зависимостей без модификации package-lock.json, в отличии от npm install)
2.1) используем после git pull после слияния feature веток
2.2) используем на CI для быстрых билдов

Раньше в npm были баги, когда package-lock всё время модифицировался. Попробуйте обновиться до последней версии.