Velocity.js vs css?

Мне кажется, это зависит от ваших задач. Если вам не хватает css - используйте. Если хватает - зачем тянуть лишний код библиотеки, когда на css это уже всё встроено?

Если возникают сомнения js или css - смело выбирайте второй. Как не крути, а нативный css стабильнее и производительнее будет(не без исключений вроде IE6+). Когда вы интуитивно начнете "клепать свою библиотеку", ибо нативных свойств вам постоянно мало - тогда и стоит смотреть на какие-либо фреймворки-библиотеки. Когда, закрыв глаза на все разнообразие библиотек, сможете сформулировать что именно вам нужно от кода, а не благодаря синдрому вороны: вижу блестяшку - хочу блестяшку.
P.S: js-анимация никогда не сможет тягаться с CSS, по крайней мере в плане производительности. С помощью девтулов это очень наглядно демонстрируется.