Где в WooCommerce находится файл отправки заказа в бд?

Конкретизируйте, что нужно с заказом сделать? Менять файлы плагина не стоит, нужно использовать фильтры и хуки. Все они описаны в документации
раз https://docs.woocommerce.com/wc-apidocs/index.html

и два https://docs.woocommerce.com/wc-apidocs/hook-docs.html

Непосредственно запись в БД происходит в WC_Order::save()

Но до вызова этого метода есть еще, как минимум, изменение статуса заказа и соответствующие хуки