Как в Portable версии Firefox сделать несколько профилей пользователя?

Создать копию, и завести в ней новый профиль.

Для запуска без "интеграции" делаю такой батник:

@start /b app\Firefox64\firefox.exe --profile Data\profile --no-remote

Вместо Data\profile подставить свой путь относительно батника.
Если убрать --no-remote, то браузер будет реагировать на внешние события, т.е. открывать окна при повторном запуске и открывать ссылки, если Firefox в системе дефолтный. С --no-remote можно запустить сразу много профилей. Если каталог пустой или не существует, то будет создан новый чисты профиль.