Здравствуйте.
Здравствуйте.
Разрабатываю SPA приложение на JavaScript и php (в будущем замена на Node.js) на сервере для реализации API.
Что именно Вы разрабатываете и на чём - значения не имеет, если исходный код представляет из себя файлы.
Перед реализацией какой-то новой фичи или рефакторинга приходится делать просто ручной бекап файлов и на клиенте и на сервере, а порой еще и структуру базы.
Вместо этого - просто берёте и делаете новую ветку.
Подскажите пожалуйста, как было бы наиболее эффективно внедрить GIT, что бы упростить все вышеописанное?
Для наиболее эффективного внедрения Git - обычно используют его установщик (инсталлятор, пакет и т.п.) под соответствующую операционную систему.
Использую Atom, но без проблем могу перейти на любой другой свободный редактор/IDE.
Git никак не связан с редакторами и/или IDE, можете использовать что угодно или вообще сторонний Git-клиент, типа
TortoiseGit (и прочих подобных).
То есть хотелось бы одним коммитом сохранить и JS и PHP код.
Вы можете сохранять одним коммитом любое количество
файлов (если сильно углубиться в подробности, то дельты изменения файлов, но это Вам не очень интересно, я думаю).
Разработку веду сразу на рабочем vps используя ftp плагин для Atom, который позволяет редактировать файлы на сервере, как локальные.
Можете поставить Git в т.ч. и на удалённый сервер и обновлять там файлы проекта с помощью "push"а, но, с учётом конктекста Вашего вопроса, я бы всё-таки порекомендовал для начала разобраться с Git'ом получше, а сервер для разработки всё-таки ставить локально и не лохматить бабушку.
P.S. А для начала, рекомендую Вам посмотреть какие-нибудь видео-уроки от доморощенных экспертов, на тему "как использовать Git", коими, я уверен, Ютуб завален до краёв.
(правый нижний угол Atom'а). 