Использовать css свойство z-index.
Все всплывающие окна делаются на его основе.
Если оно будет выше чем у остальных элементов на странице, то данный элемент всегда будет находится поверх других.
Добавим к этому абсолютное позиционирование и появление и скрытие элемента заданное с помощью js.
Простой
