Как восстановить локальную историю git в PhpStorm?

И меня смущает различие в контрольных суммах.

в консоли и в битбакете у вас одинаково начинается последний коммит: с69е325

Имейте в виду, что все изменения будут удалены безвозвратно.

В том-то и дело, что не было никаких изменений.

красным отображаются пять файлов, которые я недавно создал и не фиксировал их никак.

Ещё вчера обновлял framework(yii2), но опять же, на другие проекты это никак не повлияло, только на этот.

-  watch(%r{app/views/.+\.(erb|haml|slim)$})
-  watch(%r{app/helpers/.+\.rb})
:...skipping...
diff --git a/.bowerrc b/.bowerrc
old mode 100644
new mode 100755
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
old mode 100644
new mode 100755
diff --git a/Guardfile b/Guardfile
deleted file mode 100644
index 06dd005..0000000
--- a/Guardfile
+++ /dev/null
@@ -1,25 +0,0 @@
-# A sample Guardfile
-# More info at https://github.com/guard/guard#readme
-
-## Uncomment and set this to only include directories you want to watch
-# directories %w(app lib config test spec features) \
-#  .select{|d| Dir.exists?(d) ? d : UI.warning("Directory #{d} does not exist")}
-
-## Note: if you are using the `directories` clause above and you are not
-## watching the project directory ('.'), then you will want to move
-## the Guardfile to a watched dir and symlink it back, e.g.
-#
-#  $ mkdir config
-#  $ mv Guardfile config/
-#  $ ln -s config/Guardfile .
-#
-# and, you'll have to watch "config/Guardfile" instead of "Guardfile"
-
-guard 'livereload' do
-  watch(%r{app/views/.+\.(erb|haml|slim)$})
-  watch(%r{app/helpers/.+\.rb})
-  watch(%r{.+\.(css|js|html|php)})
:...skipping...
diff --git a/.bowerrc b/.bowerrc
old mode 100644
new mode 100755
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
old mode 100644
new mode 100755
diff --git a/Guardfile b/Guardfile
deleted file mode 100644
index 06dd005..0000000
--- a/Guardfile
+++ /dev/null

old mode 100644
new mode 100755

. Поменял некоторым файлам права, из изменённых исчезли.