Тут надо в код смотреть, все от многого зависит: как реализованы права, роли, как аутентификация работает. В мвс3 идентити еще не было, надо было руками мембешип провайдер реализовывать, в каком виде Вы его переносить собираетесь?
И потом, почему на мвс5, а не сразу на коре?
Не зная структуры, тяжело что-то сказать однозначно. Но я бы, наверное, в такой ситуации завел новый проект и просто по тихому переносил в него куски кода, которые можно перенести, а что-то писал по новой. Если переносить с хвоста, то можно упереться в тупик, когда ядро невозможно будет изменить.
