Что лучше использовать для ЭДО СБИС или Диадок?

Все зависит от ваших контрагентов, а так можно и 1С ЭДО использовать.

Вся соль будет в настройках "роуминга", если ваши контрагенты пользуются другим провайдером.
Поэтому, обычно, я рекомендую выбирать либо один из вариантов встроенных в конфигурацию, либо любой другой - смотря на то, какой оператор больше используются серди контрагентов.

Zh Zh У Диадок и СБИС есть интеграция с 1С, в моём случае организация для взаимодействия ЭДО использовала обе платформы, потому что разные контрагенты работают с разными партнерами ЭДО, есть ещё 1с ЭДО, но на тот момент цены на него были очень высокие по сравнению с конкурентами, поэтому выбор пал в пользу СБИС и Диадок.
По качеству оказываемых услуг и сервису, Диадок не понравился совсем, т.к. приходилось очень много на этапе внедрения взаимодействовать с тех поддержкой, сложились совсем не хорошие взаимоотношения, но сама интеграция с 1с у Диадок посильнее, по сравнению с СБИС.